問題

近年では、輸送技術の発達に伴い、様々な動物（特に野生動物）がペットとして供されるが、この中には危険な習性のあるものや、また危険な伝染病の病原体を持つ動物が含まれる事もある。又、動物の持つ寄生虫の影響も懸念されている。2000年代には、日本においてはほぼ根絶されたと思われていた狂犬病が、輸入ペットの中からみつかり大きな問題となっている。日本では輸入されていないものの、近年人気のあるハムスターから、南米にて狂犬病ウイルスが発見されたニュースが報じられている。

これと同時に、珍しい動物を飼いたいという需要もあり、この中には密猟によって捕獲された動物が含まれ、場合によっては飼育には充実した設備を要する物が、安易に密売買されるケースも少なくない。野生のオランウータンはワシントン条約で商取引が禁じられているが、これすら売買していた事例もあり、幼い内に親から引き離されたこれら個体が、再び森に帰れるよう、リハビリを行っている団体もあるが、本来はオランウータンの生態を研究するために生息域にいる研究者にこれらペットとして違法に飼われていたものが持ち込まれ、研究者らが自然環境への復帰作業に動員されてしまい、研究が滞るケースもあるという。また動物園などから珍しい動物が盗難に遭うなどの事件も発生しており、盗んだはいいが飼い方が判らず（情報も無いため）死なせてしまうといった事件も起きている。日本においては2003年にレッサーパンダなどが盗まれ売買された事件も発生している。（三ヵ月後に発見され戻された）

一方、ペットを玩具のように考える飼い主も後を絶たず、その性質に即した飼い方が成されていないケースも少なくは無い。中には、偏食の結果として糖尿病などの成人病的症状で通院するものや過度に愛玩された結果、神経性の円形脱毛症や胃潰瘍に陥るもの、場合によっては飼い主のストレスから鬱憤晴らしに虐待を被るケースまで見られる。

よく懐いている犬の場合、飼い主が与えた餌を食べると飼い主が喜ぶ事を犬が理解して、満腹であっても飼い主を喜ばせようと餌を食べる場合が見られる。これらの犬は肥満やそれに絡む健康被害を被る事もあるとされる。肉食性の動物に、菜食主義者の飼い主が野菜を主体とした餌を与えて、適切な消化酵素を持たないこれら肉食のペットが健康被害を被るケースも見られる。

この他、物品のように飽きたから捨てるという事態に至っては、飼い主がこれら動物を野に放ち、帰化動物となるなどの問題も、世界各地で発生している。日本では1970年代に放映されたテレビアニメーション「あらいぐまラスカル」の影響で、アライグマを飼う家庭が出たが、本来非常に気性の荒いこの動物は飼育が難しく、処分に困った飼い主が捨てるケースも発生、一部地域では野生化したアライグマがゴミや農作物を食い荒らすなどの被害も発生している。東京都には野生化したワカケホンセイインコが大量に住み着くなどの現象も確認され、温排水が流れ込む用水路にワニが・路上でカミツキガメが保護されたとするニュースが度々聞かれるなど、芳しくない現象が発生している。

保健所では日常的に保護されたり、飼い主から持ち込まれた犬・猫などの動物が、年間45万匹殺処分されている一方、ペットショップには珍しい外国産の動物がならび、また珍しい・人気がある種類の犬・猫では、一儲けを目論んだブリーダーが近親婚による繁殖を行うといったケースも報告され、それらの中には近親婚によって発生した、畸形や遺伝的な異常を持つ個体が販売され、飼い主とペットショップで品質面が問題となって係争されるなどの現象も起こっており、これを憂う向きもある。 ちなみに、輸入・繁殖が特に難しい動物を除けば、先進国ではペットの生体をなるべく店頭販売しない、一部地域では、特に凶暴でなくても大型犬の飼育に自治体の許可が必要など、一定の管理を行う流れになりつつあるが、日本でそれらの議論がされることはほとんどない。